In 1994 opende het gebouw aan de Hilweg de deuren voor het publiek. Het bestond uit negen zeshoekige paviljoens. In 2001 werden daar nog eens twee paviljoens bijgebouwd die onderkelderd werden en als depot dienst gingen doen.
Toen in het kader van de maatregel Ruimte voor de Rivier de Noordwaard waarin het museum ligt ontpolderd ging worden, ontstonden er plannen tot uitbreiding van het museumgebouw.

Het bestaande museumgebouw is uitgebreid met 1.000 m2. Op de begane grond van het gebouw is hierdoor ruimte voor een goede ontvangst van bezoekers ontstaan, met een horecavoorziening, een bezoekerscentrum en een servicepunt van het VVV Altena. Voor de huidige museale presentatie is een nieuwe opzet bedacht, die aansprekend is voor het hedendaagse publiek.
Op de eerste verdieping zijn drie kantoorruimtes gerealiseerd. Naast het museum houden Staatsbosbeheer en het Parkschap Nationaal Park de Biesbosch kantoor in het museumgebouw. De synergie tussen deze organisaties en het museum biedt tal van mogelijkheden om het Biesbosch MuseumEiland als fysieke en mentale poort van de Biesbosch op interessante wijze te programmeren.

Het gebouw is in januari 2016 genomineerd voor Gebouw van het Jaar 2016 door ArchDaily. Dat is één van de bekendste architectuurwebsites ter wereld. Klik hier voor meer informatie..

In april 2016 viel het gebouw maarliefst drie keer in de prijzen bij de Architizer Awards 2016. In zowel de categorie museum als de in categorie architectuur en landschap won het ontwerp de juryprijs. In deze laatste categorie won het tevens de publieksprijs.